Esse daqui é um howto que muita gente procura. Eu não aconselho ninguém a utilizar esta solução para implementações grandes. Para isso, quem cumpre melhor esse papel (Controlador de Domínio Microsoft) são os SOs Windows Server 2003/2008. Mas se você realmente quer entrar nesta empreitada, você tem 3 opções comuns.

1. Para um PDC simples, com autenticação e compartilhamento de arquivos e impressoras. Utilize o samba3 com backend tdbsam.
2. tdbsam não é replicável (não por meios confortáveis pelo menos). Então em caso de precisar de vários PDCs (uh?) Utilize o samba3 com backend ldap.
3. Qualquer coisa mais complexa que isso, é melhor ficar com o Windows Server 2003/2008 mesmo. Por enquanto pois, o samba4 já já chega, e quando chegar,  terei o maior prazer de construir um ambiente de teste. Este promete.

O Howto em questão é para a opção 2 e pode ser visto no wiki.

Sobre o samba 4, parece que sai esse ano ainda. Você pode acompanhar seu andamento nesses links:
http://wiki.samba.org/index.php/Samba4/Andrew_and_Jelmers_Fantasy_Page
http://gitweb.samba.org/?p=samba.git;a=shortlog;h=v4-0-stable